晋国博物馆内设一办四部：即办公室、陈列保管部、物业管理部、公众服务部、安全保卫部。

陈列保管部

陈列展览的设计与制作。负责展示文物的提调管理，进行文物鉴定、信息咨询、文物包装、文物鉴赏等服务。负责馆藏文物的保管、保养、修复及陈展文物的搬运与保护等工作。

物业管理部

负责系统环境（保洁、绿化）与空间的维护和治理，常规物品采购与管理、固定资产管理、公共设施及建筑的维护和施工管理。保障全馆水、电、暖、弱电等各项设备系统的正常运行。

安全保卫部

制定、执行全馆安全保卫工作的各项规章制度。负责安全设施和人员的安全保卫工作，陈展文物的安全和展厅秩序的维护，文物的运输安全。建立全馆人员的安全档案，提供安全技术保障。负责有关安全事务的对外联络和协作，协助公安机关处理民事治安事件，协助相关部门做好大型活动和来馆重要人员的安全保卫工作。

公众服务部

负责博物馆对外形象和系列活动的策划、推广和宣传。对外展览和引进展览的咨询、策划；公众接待、票务管理、团体预约安排；主馆公共空间及功能性区域的日常管理；协助做好陈展文物的综合管理。负责讲解培训及博物馆的宣教活动。